prototype.js

■最新のprototype.js■
本家（英語サイト）
Prototype JavaScript framework: Easy Ajax and DOM manipulation for dynamic web applications:

■お役立ちサイト■
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prototype.jsを読み解く
ver1.5.11の中身のコードを、全10回に分けて丁寧に解説されています。
ボリュームはありますが、とても勉強になります。

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prototype.js逆引きサンプル集
prototype.jsリファレンス
こちらもサンプルソースを使い丁寧に解説されています。